Homebrew経由でRをインストール

Homebrew経由でRをインストールした際のメモです.

ターミナルから,以下のコマンドを入力します.

$ brew tap brewsci/science
以前は,外部リポジトリの `homebrew/science` に `tap` すれば良かったようですが,外部リポジトリ `brewsci/science` に `tap` しなければならなくなっているようです.
brew tapでscienceリポジトリを追加します*.

その後に `R` をインストールします.

$ brew install r
これで,無事 `R` がインストールされます.

以下のようにして,`R`を起動します.

$ R
 
無事,インストールが成功していれば,以下のような画面が表示されます.
R version 3.6.0 (2019-04-26) -- "Planting of a Tree"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin17.7.0 (64-bit)
 
R は、自由なソフトウェアであり、「完全に無保証」です。 
一定の条件に従えば、自由にこれを再配布することができます。 
配布条件の詳細に関しては、'license()' あるいは 'licence()' と入力してください。 
 
  Natural language support but running in an English locale
 
R is a collaborative project with many contributors.
Type 'contributors()' for more information and
'citation()' on how to cite R or R packages in publications.
 
'demo()' と入力すればデモをみることができます。 
'help()' とすればオンラインヘルプが出ます。 
'help.start()' で HTML ブラウザによるヘルプがみられます。 
'q()' と入力すれば R を終了します。 
 
 起動準備中です -  警告メッセージ: 
1: Setting LC_COLLATE failed, using "C" 
2: Setting LC_TIME failed, using "C" 
3: Setting LC_MESSAGES failed, using "C" 
4: Setting LC_MONETARY failed, using "C" 

さらに,RStanをインストールするには,Rが立ち上がっている状態で,以下のコマンドを入力します.
> install.packages("rstan")
 
すると,以下のようにインストールが始まります.
下記ののように,ミラーサイトの選択を要求されるので,Japan(42)を選択します.
 パッケージを ‘/usr/local/lib/R/3.6/site-library’ 中にインストールします 
 (‘lib’ が指定されていないため) 
 --- このセッションで使うために、CRAN のミラーサイトを選んでください --- 
Secure CRAN mirrors 
 
 1: 0-Cloud [https]                   2: Algeria [https]                
 3: Australia (Canberra) [https]      4: Australia (Melbourne 1) [https]
 5: Australia (Melbourne 2) [https]   6: Australia (Perth) [https]      
 7: Austria [https]                   8: Belgium (Ghent) [https]        
 9: Brazil (PR) [https]              10: Brazil (RJ) [https]            
11: Brazil (SP 1) [https]            12: Brazil (SP 2) [https]          
13: Bulgaria [https]                 14: Chile 1 [https]                
15: Chile 2 [https]                  16: China (Hong Kong) [https]      
17: China (Guangzhou) [https]        18: China (Lanzhou) [https]        
19: China (Shanghai 1) [https]       20: China (Shanghai 2) [https]     
21: Colombia (Cali) [https]          22: Czech Republic [https]         
23: Denmark [https]                  24: Ecuador (Cuenca) [https]       
25: Ecuador (Quito) [https]          26: Estonia [https]                
27: France (Lyon 1) [https]          28: France (Lyon 2) [https]        
29: France (Marseille) [https]       30: France (Montpellier) [https]   
31: France (Paris 2) [https]         32: Germany (Erlangen) [https]     
33: Germany (Göttingen) [https]      34: Germany (Münster) [https]      
35: Greece [https]                   36: Hungary [https]                
37: Iceland [https]                  38: Indonesia (Jakarta) [https]    
39: Ireland [https]                  40: Italy (Padua) [https]          
41: Japan (Tokyo) [https]            42: Japan (Yonezawa) [https]       
43: Korea (Busan) [https]            44: Korea (Gyeongsan-si) [https]   
45: Korea (Seoul 1) [https]          46: Korea (Ulsan) [https]          
47: Malaysia [https]                 48: Mexico (Mexico City) [https]   
49: Norway [https]                   50: Philippines [https]            
51: Serbia [https]                   52: Spain (A Coruña) [https]       
53: Spain (Madrid) [https]           54: Sweden [https]                 
55: Switzerland [https]              56: Turkey (Denizli) [https]       
57: Turkey (Mersin) [https]          58: UK (Bristol) [https]           
59: UK (London 1) [https]            60: USA (CA 1) [https]             
61: USA (IA) [https]                 62: USA (KS) [https]               
63: USA (MI 1) [https]               64: USA (OR) [https]               
65: USA (TN) [https]                 66: USA (TX 1) [https]             
67: Uruguay [https]                  68: (other mirrors)                
 
 
Selection: 42
すると,インストールが始まります(ズラズラと画面が流れて,完了までに結構時間がかかります).
 
Rへの読み込みは,以下のようにコマンドを入力します.
> library(rstan)
 
以下の設定を行うことが推奨されているようです.
> rstan_options(auto_write=TRUE)
> options(mc.cores=parallel::detectCores())
最初のコマンドは,コンパイルした結果を保存するもので,次のコマンドは複数のコアを使用するものです.
`R` を終了させるには,以下のコマンドを入力します.
> quit()
___
* `tap`を実行すると,以下のような画面が流れます.
Updating Homebrew...
==> Auto-updated Homebrew!
Updated 2 taps (homebrew/core and homebrew/cask).
==> New Formulae
...
==> Tapping brewsci/science
Cloning into '/usr/local/Homebrew/Library/Taps/brewsci/homebrew-science'...
remote: Enumerating objects: 435, done.
remote: Counting objects: 100% (435/435), done.
remote: Compressing objects: 100% (431/431), done.
remote: Total 435 (delta 2), reused 181 (delta 2), pack-reused 0
Receiving objects: 100% (435/435), 398.22 KiB | 152.00 KiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (2/2), done.
Tapped 416 formulae (455 files, 1.2MB).
`...` は実際に表示されず,略していることを表します.
 
** `R`のインストールが始まると,以下のような画面が流れます.
==> Installing dependencies for r: isl, mpfr, gcc, gettext, libpng, openblas, pcre and readline
...
==> readline
readline is keg-only, which means it was not symlinked into /usr/local,
because macOS provides the BSD libedit library, which shadows libreadline.
In order to prevent conflicts when programs look for libreadline we are
defaulting this GNU Readline installation to keg-only.
 
For compilers to find readline you may need to set:
  export LDFLAGS="-L/usr/local/opt/readline/lib"
  export CPPFLAGS="-I/usr/local/opt/readline/include"
 
For pkg-config to find readline you may need to set:
  export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/opt/readline/lib/pkgconfig"

`...` は実際に表示されず,略していることを表します.